ÚAOV se skládá ze 2 laboratoří (Laboratoř řízené reprodukce a intenzivního chovu ryb a Laboratoř výživy), zpracovny ryb a prodejny rybích výrobků.

Pedagogická činnost
V nově vybudovaných moderních prostorách ÚAOV probíhá většina teoretické a praktické výuky bakalářských studijních oborů Rybářství, Ochrana vod a magisterského studijního oboru Rybářství a ochrana vod.

Výzkumná a poradenská činnost
Laboratoře se zabývají širokou paletou výzkumné a poradenské činnosti v oblastech rybniční a intenzivní akvakultury, zpracování a kvality masa ryb, rybářství ve volných vodách, hydrobiologie a ochrany vod.

Komerční činnost
Součástí nově zrekonstruované budovy na Husově třídě 458/102 v Českých Budějovicích je zpracovna ryb a prodejna rybích výrobků Ryby pro zdraví.
Prodejna slouží zejména k propagaci a uplatnění kvalitních rybích výrobků a ryb chovaných na fakultních rybnících. Dále se zabývá vývojem nových rybích výrobků, přípravou routových menu a praktickou výukou studentů.