Historie vzniku Výzkumného ústavu rybářské a hydrobiologického je spjata se vznikem první Československé republiky. Koncem roku 1919 rada ministerstva zemědělství rozhodla o struktuře čs. zemědělského výzkumu. Do sekce věnované živočišné výrobě byl zařazen i rybářský výzkum. Konečně 1. září 1921 po řadě technických problémů byl VÚRH prohlášen za otevřený se sídlem v Praze. Ve statutu měl za úkol aplikaci vlastních i cizích výsledků do rybářské výroby. Po několika dalších stěhováních se ústav v roce 1953 přesunul blíže k centru skutečné rybníkářské výroby, tedy do Vodňan. Zde teprve mohl ústav začít budovat i vlastní experimentální základnu. V té době se profiloval jako pracoviště zaměřené převážně na aplikovaný výzkum v oblasti rybářství a navazujících oborech jako je hydrobiologie, nemoci ryb, genetika a šlechtění ryb, obhospodařování volných vod a další.

V roce 1996 byl VÚRH převeden jako samostatný vysokoškolský ústav pod Jihočeskou univerzitu s postupným rozšiřováním a zkvalitňováním výzkumu. A konečně v roce 2009 se stal součástí nově vzniklé Fakulty rybářství a ochrany vod JU, která vznikla „de fakto“ organizační změnou VÚRH a připojením části katedry rybářství ZF JU.

Cílem činnosti VÚRH JU je dlouhodobě rozvíjený a mezinárodně uznávaný vědecký, především aplikovaný výzkum. Předmětem činnosti VÚRH JU je uskutečňování vědeckého výzkumu spoluvytvářejícího světový trend v oblastech biologických, environmentálních a chovatelských aspektů rybářství při zachování biodiverzity hydrocenóz. Zvláště pak jde o široký mezinárodní inovativní výzkum biologického charakteru (modelové druhy ryb a raků), ochrany vodního prostředí (diagnostika úrovně polutantů) nebo chovatelský výzkum orientovaný na rybářství (významné druhy ryb), včetně výzkumu kvality a bezpečnosti potravin. Nedílnou součástí ústavu se stala vzdělávací činnost, která stále nabývá na významu v rozsahu bakalářských, magisterských a doktorských studií rybářství, ale rozvíjejí se i v oblasti vědecko technických a transferu znalostí do profesní praxe.