Zpráva ze služební cesty, Slovinsko, Avramovic

Od března do května 2024 jsem se účastnil tříměsíční stáže v National Institute of Biology (NIB) v Lublani (Slovinsko) s názvem „Detekce druhů ryb a obojživelníků ze vzorků stojaté vody a sedimentů pomocí přístupu eDNA“ na Oddělení výzkumu organismů a ekosystémů, Národní biologický ústav (NIB), pod vedením Dr. Davida Stankoviće. Absolvoval jsem komplexní školení zaměřené na zvládnutí přesnosti technik odběru eDNA a metodiky pro detekci druhů. Stáž zahrnovala odběr vzorků vody a sedimentů z přírodních rybníků a říčních ramen, po kterých následovaly rozsáhlé laboratorní práce. To zahrnovalo extrakci eDNA, hodnocení kvality extraktu, PCR amplifikace a přípravu sekvenačních knihoven. Podílel jsem se také na bioinformatické analýze k identifikaci druhů z molekulárních dat. Naše předběžné výsledky byly prezentovány na 5. tematickém servisním workshopu o automatizaci observatoře biologické rozmanitosti pořádaném společností LifeWatch Slovenia na NIB (26. 4. 2024). Kromě toho jsem pracoval na přípravě endemických rybích tkání pro sekvenování celého genomu. Tyto aktivity byly přínosné pro mé doktorské studium a budoucí vědeckou kariéru. Z účasti na této stáži jsem si odnesl mnoho pozitivních zkušeností díky skvělým kolegům v NIB. V neposlední řadě děkuji za finanční podporu Erasmus+, projektu PPSŘ a laboratoři RVO ÚA.