Ústav komplexních systémů

Laboratoř zpracování signálu a obrazu

Laboratoř se zabývá zpracováním a analýzou diskretizovaného signálu a obrazu, především z biologických (biochemických, biofyzikálních) měření. V popředí zájmu stojí hmotnostní spektrometrie, v tandemu s kapalinovou nebo plynovou chromatografií, mikroskopická měření včetně fluorescence a fázového kontrastu. Nedílnou součástí je popis vlastního měřícího procesu z hlediska teorie měření, reprezentace základních atributů měření, a datových formátů. Laboratoř zajišťuje servisní činnost jednoúčelových úloh, implementaci zakázkových řešení a spolupráci s ostatními laboratořemi Ústavu komplexních systémů.

Klíčové aktivity:
- konverze datových formátu
- transformace barevných prostorů
- kalibrace digitálních fotoaparátu a kamer
- segmentace obrazu
- operace matematické morfologie
- filtrování šumu
- vyhodnocení změn barevnosti
- vývoj systémů na zachycení pohybujících se objektů

Projekty

Hmotnostní spektrometrie:
Dlouhodobý projekt zaštiťující celý tok informací ze samotného měření a informací a znalostí ze získávání dat. Skládá se ze zpracování a analýzy měření z hmotnostní spektrometrie, vývoje, testování a zavádění metod z umělé inteligence.

Projekt nabízí:

  • Řešení pro matematický popis modelu, datového souboru, v souladu s teorií měření
  • Jednoznačná definice základních pojmů jako je rozlišení, rozlišitelnost, odlišitelnost a přesnost
  • Nový přístup k chemické filtraci šumu na základě teorie pravděpodobnosti a digitálního sběru dat
  • Dekonvoluce hmotnostních vrcholů a dekompozice chromatografických vrcholů
  • Časová korekce, podobnost metriky a faktory spolehlivosti.

Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s Nofima, Norský výzkumný ústav pro výživu, rybolov a akvakulturu a Mikrobiologický ústav AV ČR.

BioWes:
Projekt je zaměřen na vytvoření systému pro management experimentálních dat a metadat. Jedná se o komplexní řešení od návrhu protokolu experimentu, přes realizaci experimentu až po sdílení a vyhledávání dat

Základní funkcionalita systému:

  • Lokální úložiště dat – data + metadata
  • Podpora libovolného formátu dat
  • Elektronický protokol experimentu – znovu využitelnost
  • Přímé propojení experimentálních dat a popisu experimentu
  • Podpora standardizací (Bioportal)
  • Automatické získávání dat o nastavení přístrojů
  • Jednoduchý systém sdílení
  • Vyhledávání v metadatech experimentů
  • Specializované zásuvné moduly pro zpracování specifických dat

Testovací verze systému je dostupná na stránkách projektu www.biowes.org

Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s DataPartner, Videňskou univerzitou a Aquaexcel konsorcia.

 

Biomonitoring:
Tento projekt je zaměřen na sledování kvality vody na základě ryb a raků a vývoje systémů pro zachycení pohybujících se rybích hejn a jejich analýzu:

  • monitoring srdeční činnosti raků
  • sledování pohybu rybích hejn a raků.
  • Záznam 24h/den.

Tento projekt byl proveden prostřednictvím spolupráce s Nofima, Norský výzkumný ústav pro výživu, rybolov a akvakulturu, Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiversity hydrocenóz, Laboratoř etologie ryb a raků, FROV, Jihočeská univerzita a konsorcia Aquaexcel.

Zpracování obrazu
Široká doplňková dílčí témata v rámci řešení úloh zpracování a analýzy obrazu jsou:

  • Ryby a mořští koníci – vyhodnocení změny barvy.
  • Segmentace obrázků z fluorescenční mikroskopie.
  • Subtraktivní zobrazování v konfokální fluorescenční mikroskopii.
  • Registrace obrazu.

Tento projekt byl proveden za spolupráce s Vídeňskou univerzitou, Mikrobiologickým Institutem ASCR, Univerzity Las Palmas, a Ústavem komplexních systémů.

Digitální kalibrace
Tento dlouhodobý menší projekt je zaměřen na testování a kalibraci digitálních zařízení:

  • Barevná reprezentace.
  • Rozlišení, rozlišitelnost, odlišitelnost.
  • Hloubka bitu, vzorkování, kvantování.
  • Formátování obrazu.

Lidé a kontakty

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Zátiší 728/II, 389 25 Vodňany Tel.+420 387 774 601 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05 České BudějoviceTel. +420 387 774 601 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

© 2021 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích

Vážení návštěvníci, právě jsme spustili nové internetové stránky naší univerzity včetně všech fakult, kateder a součástí univerzity. Než se u nás na novém webu rozkoukáte, můžete kliknout na zobrazení starých internetových stránek.

1