Proteome Discoverer & Compound Discoverer User Meetings
On the days 09.12-12.12.2025 we attended the Compound Discoverer user meeting organized by Thermo Fisher in Bremen. During the three days of lectures and workshops, we learned and acquired new information about data processing and results from chemical analysis . The meeting program included a tour of the mass spectrometry factory and the historical part of the city.
Erasmus Hackathon Experience in Poland
I had the privilege of participating in an Erasmus hackathon in Poland from September 17 to 19, focused on AI for Cultural Heritage. Our team explored innovative ways to preserve and promote cultural heritage through artificial intelligence. I actively contributed to brainstorming and developing ideas that combined technology with cultural preservation, aiming to make heritage more accessible and engaging for future generations.
The hackathon emphasised the ethical use of AI, highlighting how responsible technology can serve as a pillar for safeguarding cultural identity. Collaborating with international students and developers was an enriching experience that broadened my perspective, enhanced my technical skills, and strengthened my teamwork and cultural awareness.
This event was a truly memorable and transformative part of my Erasmus journey.
From 11 to 13 August 2025, we (Anna Koubová and Antonín Kouba) undertook a business trip to Poland. The aim was to investigate the distribution of the spiny-cheek crayfish (Faxonius limosus) in the vicinity of the village of Barnówko. This is the location where, in 1890, the German breeder Max von dem Borne released approximately 100 specimens of spiny-cheek crayfish originating from the Delaware River basin in Pennsylvania, USA.
The original motivation for this introduction was to find a replacement for the disappearing populations of the native noble crayfish (Astacus astacus), which at the time was experiencing a mass die-off caused by what was then an unknown disease – crayfish plague. Due to its small size, the spiny-cheek crayfish proved unsuitable for fisheries or aquaculture purposes. However, it spread via the local Myśla River into the Oder and beyond – largely aided by human activity – eventually reaching almost all of Poland. Today, it can be found in more than twenty European countries and often remains a carrier of a specific and highly virulent genotype of the crayfish plague pathogen.
Previous genetic studies conducted across Europe have shown low genetic diversity within spiny-cheek crayfish populations, a result of the relatively small number of individuals initially introduced. However, these studies have never included the area of its first release in Europe. Addressing this gap is the main focus of our current research.
We would like to thank Maciej Bonk from the Institute of Nature Conservation of the Polish Academy of Sciences for his assistance with this project.
Chemical pollution in the Danube River basin was monitored using passive samplers within the LIFE "Living Rivers" framework 101069837. The samplers were located in the six watercourses from 28.-30.5. until 11.-13.6. Periodic analyses of micropollutants, such as pharmaceuticals, pesticides, and technical substances, lead to obtaining information on the concentration and composition of foreign substances in waters, revealing their sources and possible steps to improve the situation and water environment protection.
FFPW JU CENAKVA actively participates in the international monitoring of the Danube - The Joint Danube Survey 5 (JDS5) II
FFPW USB CENAKVA is an active member of a broad international consortium (14 countries) that cooperates in one of the world's most extensive water environment monitoring programs - The Joint Danube Survey 5 (JDS5), which is focused on comprehensive monitoring of the Danube and its major tributaries. In the period August 25th -31st. 2025, our sampling team, consisting of T. Randák, R. Grabic (FFPW JU CENAKVA), and B. Vrana (MU Brno RECETOX), successfully removed passive samplers at 10 locations in the middle and lower reaches of the Danube which were installed in May 2025. Chemical analyses of the collected samples will follow.
FFPW USB CENAKVA actively participates in the international monitoring of the Danube - The Joint Danube Survey 5 (JDS5)
FFPW USB CENAKVA is an active member of a broad international consortium (14 countries) that cooperates in one of the world's most extensive water environment monitoring programs - The Joint Danube Survey 5 (JDS5), which is focused on comprehensive monitoring of the Danube and its major tributaries. In the period May 24th -30th. 2025, our sampling team, consisting of T. Randák, R. Grabic (FFPW JU CENAKVA), and B. Vrana (MU Brno RECETOX), successfully installed passive samplers at 8 locations in the middle and lower reaches of the Danube. During our seven-day trip, we covered 3700 km, visited seven countries, and experienced many interesting situations.
The three-month internship (1 April 2025 – 30 June 2025) was conducted at the Department of Wildlife, Fish and Environmental Research at the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) in Umeå under the supervision of Dr. Daniel Cerveny. The main goal of the internship was to gain a deeper understanding of the effects of psychoactive substances on the behaviour (tracking, feeding, response to predators) of an aquatic invertebrate, the damselfly (Coenagrion hastulatum), and different experimental temperatures were set up to explore the potential impact of global climate change on this research.
During the internship, I gained a deeper understanding of laboratory studies and methods for small aquatic invertebrate behaviour, which will help me to combine field work with laboratory studies in the future. My skills in scientific communication and exploration of research questions were enhanced. In addition, I established new contacts and collaborations with other scientists in the field.
From 14 to 19 September 2025, Anna Koubová and Ganna Fedorova undertook a business trip to Switzerland. The purpose of their visit to the Swiss Federal Institute of Aquatic Science and Technology (Eawag)in Dübendorf was to deepen their expertise in environmental analysis and molecular toxicology. At the Department of Environmental Toxicology, they participated in laboratory training focused on testing the acute toxicity of chemicals in fish using the RTGill-W1 cell line (OECD TG No. 249). Additional training aimed at enzymatic activity methodologies, particularly in vitro biotransformation enzyme assays with fish-derived biological material. Their stay at the Eawag also gave them the opportunity to present their research findings in a lecture at a scientific seminar. Meetings with researchers from thematic groups in Environmental Analytics, Molecular Toxicology, Bioanalytics, Microbial Communities, and related fields proved valuable for knowledge sharing and opened opportunities for future collaboration.
The University of South Bohemia supported the business trip within the PPSŘ 24-25 07/FROV – International Mobility programme. Special thanks go to Dr Marco Franco from the Department of Environmental Toxicology (Eawag) for his outstanding collaboration and for organising the business trip program.
01.-05.06.2023 Ganna Fedorova visited CESAM & Department of Biology, University of Aveiro. The aim of the visit was to learn how to conduct acute exposure tests for aquatic organisms and to discuss potential cooperations. In the frame of the visit Ganna presented the research of psychoactive pollutants done in FFPW USB.
Proteome Discoverer & Compound Discoverer User Meetings
Ve dnech 9.12.-12.12.2025 jsme se zúčastnily setkání uživatelů softwaru Compound Discoverer pořádaného firmou Thermo Fisher ve městě Brémy. Během tří dnů přednášek a workshopů jsme se naučily a osvojily novinky ohledně zpracovávání dat a výsledků chemických analýz. Součástí programu byla prohlídka továrny na hmotnostní spektrometry a historické části města.
Výroční setkání asociace NORMAN se konalo v Gdaňsku, Polsko, ve dnech 1.–3. prosince 2025. Setkání se zúčastnil Roman Grabic, který zastupoval Jihočeskou univerzitu v Českých Budějovicích jako hlasující člen. Hlavním cílem setkání bylo informovat členy o probíhajících aktivitách NORMAN a schválit program činností na nadcházející rok.
Naše Laboratoř environmentální chemie a biochemie přispěla třemi aktivitami: odběrem vzorků z řeky Dunaj v rámci projektu Joint Danube Survey 5, účastí v mezilaboratorním srovnávacím testu cílené analýzy pomocí pasivních vzorkovačů a přípravou globální mezilaboratorní studie zaměřené na necílenou analýzu PFAS. Kromě prezentace aktivit sloužilo setkání také jako platforma pro výměnu názorů a diskusi o budoucím směřování výzkumných aktivit v oblasti chemického znečištění a jeho regulace.
Měla jsem tu čest zúčastnit se Erasmus hackathonu v Polsku od 17. do 19. září 2025, který se zaměřoval na umělou inteligenci pro kulturní dědictví. Náš tým zkoumal inovativní způsoby, jak zachovávat a propagovat kulturní dědictví prostřednictvím umělé inteligence. Aktivně jsem přispívala k brainstormingu a rozvoji nápadů, které kombinovaly technologie s ochranou kulturního dědictví, s cílem učinit dědictví přístupnějším a atraktivnějším pro budoucí generace.
Hackathon kladl důraz na etické využití AI a zdůrazňoval, jak může zodpovědná technologie sloužit jako pilíř pro ochranu kulturní identity. Spolupráce s mezinárodními studenty a vývojáři byla obohacujícím zážitkem, který rozšířil můj rozhled, zlepšil mé technické dovednosti a posílil mé schopnosti týmové práce i kulturní povědomí.
Tato událost byla opravdu nezapomenutelnou a transformativní součástí mého Erasmus dobrodružství.
Ve dnech 11.–13. srpna 2025 uskutečnili, Anna Koubová a Antonín Kouba, zahraniční služební cestu do Polska. Cílem bylo zjistit rozšíření raka pruhovaného (Faxonius limosus) v okolí vesnice Barnówko. Jedná se o místo, kde německý chovatel Max von dem Borne v roce 1890 vysadil přibližně 100 jedinců raka pruhovaného pocházejících z povodí řeky Delaware v Pensylvánii (USA).
Původní motivací pro tuto introdukci byla snaha nalézt náhradu za mizející populace původního raka říčního (Astacus astacus), který tehdy plošně vymíral na dosud neznámé onemocnění – račí mor. Vzhledem k malé velikosti raka pruhovaného se tento druh pro rybářské a akvakulturní využití neosvědčil. Prostřednictvím místní řeky Myśla se však rozšířil do Odry a dále – a to z velké části i s přispěním člověka – téměř po celém území Polska. Dnes se s ním můžeme setkat ve více než dvaceti evropských zemích a často zůstává přenašečem specifického a vysoce virulentního genotypu původce račího moru.
Dříve provedené genetické studie napříč Evropou prokázaly nízkou genetickou diverzitu populací raka pruhovaného, což souvisí s relativně nízkým počtem původně vysazených jedinců. Tyto výzkumy však dosud nikdy nezahrnuly oblast jeho prvního vysazení v Evropě. Právě objasnění těchto otázek je hlavním cílem našeho výzkumu.
Děkujeme Macieju Bonkovi z Ústavu pro ochranu přírody Polské akademie věd za pomoc při realizaci tohoto projektu.
01.-05.06.2023 Ganna Fedorová navštívila CESAM & Department of Biology, University of Aveiro. Cílem návštěvy bylo naučit se provádět testy akutní expozice pro vodní organismy a diskutovat o potenciální spolupráci. V rámci návštěvy Ganna prezentovala výzkum psychoaktivních polutantů prováděný na FROV JU.
Monitoring chemického znečištění v povodí řeky Dunaje byl proveden pomocí pasivních vzorkovačů v rámci projektu LIFE „Living Rivers“ 101069837. Vzorkovače byly umístěny v šesti vodních tocích od 28.-30.5. do 11.-13.6. Pravidelné analýzy mikropolurtantů z řad famak, pescitidů i technických látek vedou k získání informací o koncentraci a složení cizorodých látek ve vodách, odhalení jejich zdrojů a případných krocích ke zlepšení situace a ochraně vodního prostředí.
FROV JU CENAKVA se aktivně podílí na mezinárodním monitoringu Dunaje "The Joint Danube Survey 5 (JDS5) II"
FROV JU CENAKVA je aktivním členem širokého mezinárodního konsorcia (14 zemí), které spolupracuje na jednom z nejrozsáhlejších světových monitoringů vodního prostředí - The Joint Danube Survey 5 (JDS5), který je zaměřen na komplexní monitoring Dunaje a jeho významných přítoků. V období 25.–31.8. 2025 náš vzorkovací tým ve složení T. Randák, R. Grabic (FROV JU CENAKVA) a B. Vrana (MU Brno RECETOX) úspěšně vyzvednul pasivní vzorkovače, které byly instalovány v celkem 10 lokalitách středního a dolního toku Dunaje v květnu 2025. Následovat budou chemické analýzy odebraných vzorků.
FROV JU CENAKVA se aktivně podílí na mezinárodním monitoringu Dunaje The Joint Danube Survey 5 (JDS5)
FROV JU CENAKVA je aktivním členem širokého mezinárodního konsorcia (14 zemí), které spolupracuje na jednom z nejrozsáhlejších světových monitoringů vodního prostředí - The Joint Danube Survey 5 (JDS5), který je zaměřen na komplexní monitoring Dunaje a jeho významných přítoků. V období 24.–30.5.2025 náš vzorkovací tým ve složení T. Randák, R. Grabic (FROV JU CENAKVA) a B. Vrana (MU Brno RECETOX) úspěšně instaloval pasivní vzorkovače na 8 lokalitách středního a dolního toku Dunaje. V průběhu naší sedmidenní cesty jsme absolvovali celkem 3700 km, navštívili sedm států a zažili mnoho zajímavých situací.
Tříměsíční stáž (1. dubna 2025 – 30. června 2025) probíhala na Katedře výzkumu volně žijících živočichů, ryb a životního prostředí na Švédské univerzitě zemědělských věd (SLU) v Umeå pod vedením Dr. Daniela Červeného. Hlavním cílem stáže bylo prohloubení porozumění účinkům psychoaktivních látek na chování vodního bezobratlého živočicha – šidélka Coenagrion hastulatum (sledování pohybu, krmení, reakce na predátory). V rámci experimentu byly také nastaveny různé teploty, aby bylo možné prozkoumat potenciální dopady globální klimatické změny na toto téma.
Během stáže jsem lépe porozuměla laboratorním studiím a metodám zkoumání chování malých vodních bezobratlých, což mi v budoucnu pomůže lépe propojit terénní výzkum s laboratorními experimenty. Zlepšila jsem své dovednosti ve vědecké komunikaci a formulaci výzkumných otázek. Kromě toho jsem navázala nové kontakty a spolupráci s dalšími vědci v oboru.
Ve dnech 14.–19. září 2025 uskutečnily Anna Koubová a Ganna Fedorova zahraniční pracovní cestu do Švýcarska. Cílem jejich návštěvy Švýcarského federálního institutu pro vědy a technologie vodního prostředí (Eawag) v Dübendorfu bylo prohloubení znalostí v oblasti environmentální analýzy a molekulární toxikologie. Na Oddělení environmentální toxikologie proběhlo laboratorní školení zaměřené na testování akutní toxicity chemických látek na rybách pomocí buněčné linie RTGill-W1 (OECD TG č. 249). Další školení se soustředilo na metodiky enzymatické aktivity, zejména na in vitro biotransformační enzymové testy s využitím biologického materiálu z ryb. Pobyt na švýcarském institutu oběma zúčastněným umožnil také prezentovat vlastní výsledky formou přednášek na vědeckém semináři. Schůzky s výzkumnými pracovníky z tematických skupin zabývajících se environmentální analytikou, molekulární toxikologií, bioanalytikou, mikrobiálními společenstvy aj. byly přínosné pro sdílení znalostí a otevřely příležitosti k budoucí spolupráci.
Pracovní cesta byla podpořena Jihočeskou univerzitou v rámci Programu na podporu strategického řízení vysokých škol (PPSŘ 24-25 07/FROV - Mezinárodní mobility). Dr. Marco Franco z Oddělení environmentální toxikologie (Eawag) si zaslouží poděkování za výjimečnou spolupráci a organizování programu pracovní cesty.
1