ZZC/LV

Partner Institution visit; LINZ K1-MET

On 11. 08. 2026 Koushik Roy, Jan Mráz and Jiří Koleček visited the partner workplace K1-MET in Linz. We visited the laboratories, discussed broader focus of our teams and laboratories and we also consulted progress and next steps in the implementation of the ATCZ00278 – CARMA project from Interreg ATCZ program. Pilot bioreactor cultures of methanogenic bacteria were collected for amino acids profiling and selecting suitable candidates as part of inter-partner activity in the CARMA project.

The main objective of the CARMA project (CO2-based Methane and Protein Production for the Decarbonization of Industrial Processes) is to convert the climate-damaging greenhouse gas CO₂ into microbial protein as an alternative source of protein. Four project partners (two each from AT and CZ) are involved in achieving this goal. The project results will benefit businesses, small and medium-sized enterprises, regional institutions and the public in these regions. Four publications will be published, three cross-border workshops will be organised and two joint solutions will be developed.

FFPW USB Researchers Presented Innovative Aquaculture By-Product Valorisation at RETASTE 2026

The international conference RETASTE 2026 – Rethink Food Resources, Losses, and Waste took place in Rethymno, Crete, Greece, from 16 to 18 September 2026. Focusing on sustainable resource utilisation, food waste reduction, and the circular economy, the conference brought together researchers and experts from various disciplines. The Faculty of Fisheries and Protection of Waters, University of South Bohemia, was represented by Assoc. Prof. Jan Mráz, Ph.D. and Ing. Radek Gebauer, Ph.D. from the Institute of Aquaculture and Protection of Waters.

Jan Mráz presented Circular Valorisation of Freshwater Fish Processing Side-Streams into Child- and Adult-Accepted Food Products: From School Catering to Retail Markets, focusing on transforming freshwater fish processing by-products into nutritious food products suitable for school catering and retail consumers.

Radek Gebauer delivered Transforming Aquaculture Sludge into Commercial Fertiliser Products: Economic and Agronomic Validation, addressing the conversion of sludge from recirculating aquaculture systems into valuable fertilisers and evaluating their agronomic performance and economic feasibility.

Both presentations highlighted opportunities to improve resource efficiency and nutrient recycling in aquaculture. The conference also provided a valuable platform for knowledge exchange and future international research collaboration.

Written by: Jan Mráz

The annual international conference organized by the Sustainable Development of Energy, Water and Environment Systems (SDEWES) was held in Dubrovnik, Croatia, from October 5 to 10, 2025. Dr. Ewumi Azeez Folorunso participated in the event and delivered an oral presentation on the dynamics of plant nutrition in soilless systems across mono- and inter-cropping systems. The presentation highlighted the interactions between plant species in aquaponic and hydroponic systems, emphasizing nutrient utilization efficiency and microbiome dynamics. In addition to the presentation, Dr. Folorunso attended several sessions related to circular bioeconomy, waste-to-energy technologies, resource-efficient food production, and climate-resilient water management. Participation in SDEWES 2025 strengthened international collaboration potential, particularly with researchers from European universities and sustainability-focused institutions.

On 21 May 2025, the PhD students, together with Vít Náhlík, participated in a workshop on Fish Welfare in different salmonid farming technologies, within the Fish Welfare Education project at the German farm Lindergmühle, located just over the border from Železná Ruda.

A total of 26 people from the FFPW USB and staff from the Bavarian Forest National Park, who are active in the field of education, participated in the workshop. The lecture and introduction to salmonid species was followed by a tour of the hatchery and outdoor fish rearing facilities, including practical demonstrations. After the workshop, we toured the park museum and outdoor enclosures with wolves and wild horses.

The event was supported by the Interreg Bavaria-Czech Republic project, ID BYCZ-SPF00088.

Research Internship at Duisburg-Essen University, Germany

From February 17 till April 20, 2025, I completed a research internship at the Chair of Process Engineering and Water Technology at Duisburg-Essen University, located in the Rhine-Ruhr metropolitan region in Germany. The internship was embedded within the NatureFloc project, which explores sustainable alternatives to conventional coagulants used in drinking water purification.

My work focused on the characterization of various organic coagulants, with the goal of assessing their suitability for drinking water purification. I was trained in using thermogravimetric analysis (TGA) to study the thermal stability and decomposition behaviour of organic coagulants, conducted infrared spectroscopy (IR) measurements to identify functional groups and molecular structures, and streaming potential measurements to evaluate the surface charge of particles in suspension, which is critical for understanding coagulation mechanisms and predicting flocculation behaviour.

Through this internship, I developed proficiency in analytical methods for material characterization, a deeper understanding of coagulation processes in water treatment, experience in experimental design, data interpretation, and scientific reporting, and collaboration skills within a multidisciplinary research team. The team provided a supportive and intellectually stimulating environment, and I appreciated the opportunity to contribute to a project with tangible societal impact. I am grateful to Prof. Dr.-Ing. Stefan Panglisch and the entire research group for their mentorship and collaboration, and I look forward to applying the skills and insights gained in future research and development efforts. Also, I am thankful for financial support through PPSŘ.

We are excited to share that the Horizon Europe project DIVERSIFY4Future has officially kicked off on 1 June 2026. DIVERSIFY4Future (Diversifying aquaculture for the future: inclusion of low‑trophic species for sustainable, innovative, healthy and circular food systems) is a Horizon Europe Innovation Action under Cluster 6 “Food, Bioeconomy, Natural Resources, Agriculture and Environment”.

The project is Coordinated by Aristotle University of Thessaloniki (AUTH). The consortium has 33 organisations from across Europe and associated countries. The PI from USB FFPW Koushik Roy participated in the three-day kick-off meeting (29/06/2026-01/07/2026) at AUTH, Thessaloniki in Greece. USB FFPW is part of 4 work packages out of 7 in total involved in Circular & Aquaponic fish feeds. The PI discussed the tasks, deliverables, milestones, contingencies, communication & data management plans, and inter-partner cooperation. The website was also launched including the Linkedin group.

From 17^th to 28^th February 2025, I got a chance via the program of Aquaexcel 3.0 to visit the Department of Agricultural, Forest and Food Sciences (DISAFA) in Carmagnola, a separate working place of the University in Turin (Italy). The visit aimed to experience exchange, make contacts and gain a deeper understanding of the mealybug (Tenebrio molitor) and black soldier fly (Hermetia illucens) breeding methodology which I can for two weeks actively participate.

Dr. Koushik Roy, Assistant Professor and Deputy Head of the Laboratory of Nutrition at the University of South Bohemia in České Budějovice, Faculty of Fisheries and Protection of Waters, successfully completed a six-month sabbatical as a Visiting Scientist at the Aquaculture and Fisheries Institute, Wageningen University & Research (WUR), Netherlands. The sabbatical was funded through the Visiting Scientist Fellowship Scheme of the Wageningen Institute of Animal Sciences (WIAS), secured by Dr. Roy. This sabbatical, running from July to December 2024, was supported by the FFPW USB as part of its career advancement initiative. A summary of his activities in sabbatical is listed in the table below. 

Koushik Roy, Ph.D. from the Laboratory of Nutrition, Faculty of Fisheries and Protection of Waters, chaired the session “Nature-based Solutions and Regenerative Farming” at Aquaculture Europe 2026, held in Ljubljana, Slovenia, from 28 September to 1 October 2026. The session brought together researchers from Czechia, Hungary, Poland, Germany, and France, with nine of its 12 oral presentations focused on European pond aquaculture. Two of these were delivered by PhD students from the Laboratory of Nutrition, Bidipta Mandal and Md. Foysul Hossain.

A key outcome of the session was the launch of the “Pond Alliance” initiative, which aims to develop a future COST Action proposal dedicated to European pond aquaculture. Czechia is expected to serve as the main proposer, supported by international partners as co-proposers. Koushik Roy also presented one oral contribution and three e-posters in other conference sessions. The contributions highlighted results from ongoing national projects (OPJAK CZ.02.01.01/00/23_021/0012616 Mraz; NAZV QL25020009 Policar) and international projects (Horizon Europe 101286791 DIVERSIFY4Future Roy; INTERREG ATCZ00278 CARMA Roy). Participation in the conference was supported by the INTERREG CARMA project.

From 28 September 2026 to 2 October 2026, members of the Laboratory of Nutrition, participated in the international conference Aquaculture Europe 2026, held in Ljubljana, Slovenia. The conference provided an important platform for the presentation of research outcomes and for establishing professional contacts in the field of aquaculture and related disciplines.

Members of the Laboratory of Nutrition actively presented their research through oral presentations and posters in several scientific sessions. The following contributions were presented:

• Radek Gebauer
  • Evaluation of Low Opportunity Cost Biomass Feed for Low-Trophic-Level Finfish Aquaculture: A Study with Nile Tilapia
• Md. Abdul Baten
  • Optimizing Electrical Stunning of Common Carp: Stunning Effectiveness, Welfare and Fillet Quality Perspective
• Md. Foysul Hossain
  • Amino Acids Supply-Demand Pitfalls in European Carp Ponds and Its Fulfillment by Precision Pond Feed
• Bidipta Mandal
  • EPA+DHA Sensitive Aquaculture in Temperate European Carp Ponds: Proof-of-Concept of Balanced Pond Feeding Strategy
• Anil Axel Tellbüscher
  • The Effect of Flocculant and Coagulant Application for End-of-Pipe Treatment of RAS Drumfilter Backwash on Biogas Yield and Aerobic Sludge Stabilisation
  • LENTIL – A Database with Persistent Identifiers for Waters Around the World
• Koushik Roy
  • Ecological Stoichiometry and Nutrient Reduction Strategies for Sustainable but Intensive Hybrid Pond Systems – Concepts for Regenerative Aquaculture
  • Industrial Decarbonization with Sustainable Protein Production in the AT-CZ Region
  • Faecal Properties of Tilapia Fed Two Diets Containing Low and High Inclusion of LOCB (Low-Opportunity-Cost-Biomass) at Identical Digestible Macronutrient-Energy Intake
• Pavel Franta
  • Upcycling Mycotoxin Contaminated Carbohydrates in EU Food System via Insect Biorefineries

In addition, Koushik Roy was invited by the conference organizers to serve as Chair of the session Nature-Based Solutions and Regenerative Farming.

Participation in the conference contributed to the international dissemination of the Laboratory of Nutrition’s research activities, strengthened scientific collaboration, and enabled the exchange of current knowledge in the fields of sustainable aquaculture, fish nutrition, and innovative production technologies.

Author: Franta Pavel

The research team from the Laboratory of Nutrition (LV) participated in the Aquaculture Europe 2025 conference, held in Valencia, Spain, from September 22–25, 2025. The team contributed to the conference with both oral and poster presentations. The overview of presentations is as follows:

• Radek Gebauer – ePoster: SUSTAINABLE SOLID REMOVAL WITH ORGANIC COAGULANTS: OPPORTUNITIES FOR DOWNSTREAM USE IN INTEGRATED AQUACULTURE
• Koushik Roy – Oral presentation: REDUCING FEED-FOOD CONFLICT OF GRAIN-FED EUROPEAN FISHPONDS BY LOW-OPPORTUNITY-COST BIOMASS: PONDS, THE COW OF AQUACULTURE?
• Anil Axel Tellbüscher – Oral presentation: SCALING UP AEROBIC SLUDGE REDUCTION FOR END-OF-PIPE TREATMENT OF RAS SLUDGE OR NUTRIENT MOBILISATION FOR INTEGRATED AQUACULTURE SYSTEMS
• Bidipta Mandal – Oral presentation: DYNAMICS OF LIPID AND FATTY ACIDS IN CARP GILL-FILTERABLE PLANKTON CONSORTIA OF TEMPERATE EUROPEAN FISHPONDS: SIGNATURE TRENDS THAT CAN BE USED FOR PLANNING LC-PUFA MINING

We gratefully acknowledge the financial support of Interreg Aquacycle (ATCZ00002), OP JAK CZ.02.01.01/00/23_021/0012616, NAZV (QK22010177), and RVO UA Laboratory.

I undertook a 3-month research internship at Zurich University of Applied Science between the 2^nd of April and 30^th of June, 2022. During this time, i was exposed to the planning, builiding and operation of different systems, including, recirculating aquaculture systems (RAS), hydroponics and decoupled aquacponics systems.

While I partook in the day-to-day operations of the instute’s aquaculture systems, I was also exposed to data sampling and analytical methods such as GC-MS and ICP-OES throughout the entire duration of the internship.

My utmost gratitude goes to the FFPW USB for financing this internship and making it a topnotch.

Každoroční mezinárodní konference organizovaná organizací Sustainable Development of Energy, Water and Environment Systems (SDEWES) se konala v Dubrovníku v Chorvatsku ve dnech 5. až 10. října 2025. Dr. Ewumi Azeez Folorunso se této akce zúčastnil a přednesl ústní prezentaci o dynamice výživy rostlin v bezpůdních systémech v rámci monokulturních a mezikulturních systémů. Prezentace se zaměřila na interakce mezi rostlinnými druhy v akvaponických a hydroponických systémech, s důrazem na efektivitu využití živin a dynamiku mikrobiomu. Kromě prezentace se Dr. Folorunso zúčastnil několika sekcí týkajících se cirkulární bioekonomiky, technologií přeměny odpadu na energii, zdrojově efektivní produkce potravin a klimaticky odolného hospodaření s vodou. Účast na konferenci SDEWES 2025 posílila potenciál mezinárodní spolupráce, zejména s výzkumníky z evropských univerzit a institucí zaměřených na udržitelnost.

Ve dnech 17. – 28. 2. 2025 mi bylo v rámci mobility programu Aquaexcel 3.0 umožněno navštívit odloučené pracoviště Univerzity v Turíně - DISAFA (The Department of Agricultural, Forest and Food Sciences ) v Carmagnole. Cílem návštěvy bylo zejména hloubší seznámení se s chovem potemníka moučného (Tenebrio molitor) a bráněnky (Hermetia illucens), do kterého jsem se po dobu dvou týdnu mohl aktivně zapojit, ale také výměna zkušeností a navázání kontaktů.

Vědci FROV JU představili na konferenci RETASTE 2026 inovativní využití vedlejších produktů z akvakultury

Ve dnech 16.–18. září 2026 se v řeckém Rethymnu na Krétě uskutečnila mezinárodní konference RETASTE 2026 – Rethink Food Resources, Losses, and Waste, zaměřená na udržitelné využívání zdrojů, omezování potravinových ztrát a cirkulární ekonomiku. Fakultu rybářství a ochrany vod JU reprezentovali doc. Ing. Jan Mráz, Ph.D. a Ing. Radek Gebauer, Ph.D. z Ústavu akvakultury a ochrany vod.

Jan Mráz představil příspěvek Circular Valorisation of Freshwater Fish Processing Side-Streams into Child- and Adult-Accepted Food Products: From School Catering to Retail Markets, zaměřený na využití vedlejších produktů zpracování sladkovodních ryb pro výrobu nutričně hodnotných potravin vhodných pro školní stravování i běžné spotřebitele.

Radek Gebauer prezentoval příspěvek Transforming Aquaculture Sludge into Commercial Fertiliser Products: Economic and Agronomic Validation, věnovaný přeměně kalů z recirkulačních akvakulturních systémů na hodnotná hnojiva a hodnocení jejich agronomické účinnosti a ekonomické proveditelnosti.

Obě prezentace ukázaly možnosti efektivnějšího využívání surovin a recyklace živin v akvakultuře. Konference zároveň poskytla prostor pro výměnu zkušeností a rozvoj mezinárodní vědecké spolupráce.

Napsal: Jan Mráz

Dne 21. května 2025 se doktorandi, spolu s Vítem Náhlíkem, zúčastnili workshopu na téma Welfare ryb při různých technologiích chovu lososovitých ryb, v rámci projektu Fish Welfare Educationna německé farmě Lindergmühle, která se nachází kousek za hranicemi směrem od Železné Rudy.
Workshopu se zúčastnilo celkem 26 lidí z FROV JU a zaměstnanců Národního parku Bavorský les, kteří jsou aktivní v oblasti vzdělávání. Po přednášce a seznámení se s druhy lososovitých ryb následovala prohlídka líhně a venkovních zařízení pro chov ryb vč. praktických ukázek. Po workshopu jsme absolvovali prohlídku muzea parku a venkovních výběhů s vlky a divokými koňmi. 

Akce byla podpořena z projektu: InterregBavorsko – Česko, IDBYCZ-SPF00088.

Výzkumná stáž na Univerzitě Duisburg-Essen, Německo
Od 17. února do 20. dubna 2025 jsem absolvoval výzkumnou stáž na Katedře procesního inženýrství a technologie vody Univerzity Duisburg-Essen, která se nachází v metropolitním regionu Rýn-Rúr v Německu. Stáž byla součástí projektu NatureFloc, který se zabývá hledáním udržitelných alternativ ke konvenčním koagulantům používaným při úpravě pitné vody.

Moje práce se zaměřovala na charakterizaci různých organických koagulantů s cílem posoudit jejich vhodnost pro úpravu pitné vody. Byl jsem vyškolen v použití termogravimetrické analýzy (TGA) ke studiu tepelné stability a rozkladového chování organických koagulantů, prováděl jsem měření infračervené spektroskopie (IR) k identifikaci funkčních skupin a molekulárních struktur a měření proudového potenciálu k vyhodnocení povrchového náboje částic v suspenzi, což je klíčové pro pochopení mechanismů koagulace a predikci chování flokulace.

Během této stáže jsem si osvojil analytické metody pro charakterizaci materiálů, prohloubil jsem své znalosti koagulačních procesů při úpravě vody, získal zkušenosti s návrhem experimentů, interpretací dat a vědeckým zpravodajstvím a rozvinul spolupráci v multidisciplinárním výzkumném týmu. Tým mi poskytl podpůrné a intelektuálně podnětné prostředí a ocenil jsem možnost přispět k projektu s reálným společenským dopadem. Jsem vděčný prof. Dr.-Ing. Stefanu Panglischovi a celému výzkumnému týmu za jejich vedení a spolupráci a těším se na využití získaných dovedností a poznatků v budoucím výzkumu a vývoji.Také jsem vděčný za finanční podporu prostřednictvím PPSŘ.

Dr. Koushik Roy, akademik pracovník a zástupce vedoucího Laboratoře výživy na Fakultě rybářství a ochrany vod JU, úspěšně absolvoval šestiměsíční sabatický pobyt jako hostující vědec na Ústavu akvakultury a rybářství, Wageningen University & Research (WUR), Nizozemsko. Tento sabatický pobyt byl financován prostřednictvím stipendijního programu pro hostující vědce Wageningenského institutu živočišných věd (WIAS), který Dr. Roy získal. Sabatický pobyt, probíhající od července do prosince 2024, byl podpořen fakultou jako součást programu profesního rozvoje. Souhrn jeho aktivit během sabatického pobytu je uveden v tabulce níže.

Návštěva partnerské instituce; LINZ K1-MET

Dne 11. 8. 2026 Koushik Roy, Jan Mráz a Jiří Koleček navštívili partnerské pracoviště K1-MET v Linci. Navštívili jsme laboratoře, prodiskutovali širší zaměření našich týmů a laboratoří a také jsme konzultovali průběh a další kroky v realizaci projektu ATCZ00278 – CARMA z programu Interreg ATCZ. V rámci mezipartnerských aktivit v projektu CARMA byly odebrány pilotní bioreaktorové kultury methanogenních bakterií pro profilování aminokyselin a výběr vhodných kandidátů.

Hlavním cílem projektu CARMA (Výroba metanu a proteinů na bázi CO2 pro dekarbonizaci průmyslových procesů) je přeměna klimaticky škodlivého skleníkového plynu CO₂ na mikrobiální protein jako alternativu zdroje proteinů. Dosažení cíle se účastní čtyři projektoví partneři (po dvou z AT a CZ). Výsledky projektu budou přínosem pro podniky, malé a středně velké firmy, regionální instituce a veřejnost v těchto regionech. Budou zveřejněny čtyři publikace, zorganizovány tři přeshraniční workshopy a vypracována dvě společná řešení.