ZZC/AQUA

On 1 April 2026, a meeting was held at the Große Mühl River (Austria) with the participation of FROV JU (Szydłowska, Burič, Císař, Koliada) and BOKU (Hauer). The aim was to visit grayling (Thymallus thymallus) spawning sites and to plan the installation of a camera system for monitoring spawning grounds, including the assessment of the signal crayfish (Pacifastacus leniusculus), which may disturb spawning habitats and threaten eggs through direct predation, as documented in salmonid species.

The discussion also included planning of further research, including the possible installation of an automated fish pass monitoring system capable of determining the number and species of migrating fish using camera-based machine learning.

The activities were carried out within the project ATCZ00180 Living Treasures / Živé poklady bystřin a tůní (INTERREG Austria–Czech Republic 2021–2027).

Between October 14–16, 2025, I (Petr Císař) participated in the final meeting of the AQUAEXCEL3.0 project. This was the concluding meeting after 15 years of continuous collaboration within the AQUAEXCEL projects (AQUAEXCEL, AQUAEXCEL2020, AQUAEXCEL3.0), in which I have been involved. The faculty successfully fulfilled all of its defined objectives, and throughout the entire duration of the projects, we ranked among the most frequently visited infrastructures within the Trans-National Access (TNA) program.

The AQUAEXCEL brand is now well-established both in Europe and globally, and all participants agreed that, should a suitable call appear, the consortium should continue. From the most recent project alone, we obtained 5.5 million CZK for the realization of 14 TNA projects.
Within the project, our staff implemented 6 TNA projects at partner institutions, and 4 technicians participated in the Technician Exchange program.

From April 20 to April 22, 2026, I undertook a business trip to Denmark, to the Technical University of Denmark, National Institute of Aquatic Resources. The purpose of the trip was to install a system for monitoring fish in experiments involving bacteria and viruses.

Petr Císař and Ievgen Koliada visited the MATE workplace in the town of Szarvas as part of the LRI project focused on automatic analysis of zander spawning using a camera system. During the visit, the cameras in 9 tanks were set up and a computer was set up to process the video recording. Subsequently, an algorithm was created to detect the moment when the female zander releases eggs.

On 10.10, I presented a invited lecture at the 50th annual conference ofThe Polish Trout Breeders Association, in Gdynia, Poland. The lecture was focused on the concept of precision fish farming, actual possibilities of computer vision in aquaculture and the early warning system for image based fish disease detection. The association see the need of implementation of new technologies in the fish production and educate the farmers in this field.

Between September 22 and 25, we (Petr Císař, Jan Urban, Mohammad Mehdi Ziaei) participated in the international conference Aquaculture Europe 2025. As part of the conference, all of us gave presentations in the Precision Aquaculture 4.0 and Contributed – Operations 1 sessions. The conference was again highly beneficial in terms of establishing new collaborations — we formed an international working group focused on tank monitoring using computer vision and gained valuable insights into the latest developments in aquaculture.

Dne 9. 10. 2024 jsem se zúčastnil schůzky pro přípravu projektové žádosti k vytvoření ESFRI v oblasti chovu hospodářských zvířat. Na základě schůzky vzniklo konsorcium s názvem GenoPHEnix – a research infrastructure to deliver a consolidated vision for farmed animal science in Europe. Cílem je podat návrh projektu, kde fakulta bude zapojena v aktivitách management dat, aplikaci moderních technologií či analýzy vlivu a dopadu infrastruktur na prostředí. 

Jedná se o strategický projekt, který by v budoucnu umožnil nabízet placené služby fakulta zapojení do daších výzev EU.

Ve dnech 14. – 16. 10. 2025 jsem (Petr Císař) se zúčastnil finálního setkání projektu AQUAEXCEL3.0. Jednalo se o poslední setkání za 15 let nepřetržitého pokračování projektů AQUAEXCEL (AQUAEXCEL, AQUAEXCEL2020, AQUAEXCEL3.0) na kterých jsem se podílel. Fakulta splnila všechny cíle, které měla definované a za celou dobu trvání projektů jsme patřili k nejnavštěvovanějším infrastrukturám v Trans National přístupu.

Značka AQUAEXCEL je již v rámci Evropy, ale i světa dobře zavedená a všichni zúčastnění se shodli, že v případě vhodné výzvy by mělo konsorcium pokračovat. Jen na realizaci TNA přístupů jsme z posledního projektu získali 5,5 mil Kč na 14 projektů. V rámci projektu realizovali naši zaměstnanci 6 TNA projektů u ostatních partnerů a 4 technici vyjeli v rámci programu technician exchange.

Ve dnech 20. 4. až 22. 4. 2026 jsem absolvoval služební cestu do Dánska na Technical University of Denmark, National Institute of Aquatic Resources, zaměřenou na instalaci systému pro monitorování ryb v pokusech s bakteriemi a viry.

Testování vzorků z VVI projektu CENAKVA na přístroji Celena X ve společnosti Logos Biosystems SARL

Dne 19. března 2025 jsem v brzkých ranních hodinách odjel z Nových Hradů do Prahy, odkud jsem následně letecky odcestoval do Paříže. Zde jsem přesedl na vlak a dopoledne dorazil do města Lille, kde sídlí společnost Logos Biosystems SARL.

Na místě jsem se setkal s paní Karine Labour (Europe Managing Director) a panem Javierem Garcíou (Field Application Scientist). Po úvodním seznámení s přístrojem Celena X jsme ihned přistoupili k praktickému testování přivezených vzorků, pocházejících z VVI projektu CENAKVA. Testování probíhalo po zbytek dne a pokračovalo také dopoledne následujícího dne.

Dne 20. března odpoledne jsem se přes Paříž vrátil zpět do Prahy a následně autem do Nových Hradů.

Získaná data mi byla poskytnuta ke zpracování a byla prezentována na laboratorním mítinku dne 24. března 2025. Výsledky vzbudily značný ohlas a přispěly k objasnění problémů spojených se vzorky, které nebylo možné adekvátně analyzovat pomocí dostupného přístrojového vybavení v naší laboratoři.

Závěrem lze konstatovat, že pracovní cesta splnila svůj účel a její výsledky představují významný přínos pro další úspěšné pokračování projektu.

Ve dnech 31.3. až 3.4. jsme (Petr Císař, Mohammad Mehdi Ziaei) realizovali instalaci systému pro snímání video záznamů krmení ryb v IFREMER (Montpelier, Francie).

Instalace systému proběhla ve spolupráci s vědci z IFREMER a byla součástí projektu TNA AQUAEXCEl3.0. Cílem projektu je vytvoření automatického monitorování krmení ryb pomocí identifikace ryb ve video záznamu a detekce události sežrání pelety rybou. Takto bude možné monitorovat individuální krmení ryb v hejnu, což otevře nové možnosti výzkumu. V rámci pobytu byl instalován monitorovací systému optimalizovány podmínky snímání.

Ve dnech 1. – 4.října 2024 zastupoval dr. Jan Urban fakultu na setkání projektu Aquaexcel 3.0 v italském Turínu. Během setkání se diskutovaly výsledky a výstupy projektu za uplynulý rok. Mezi partnery značně narůstá zájem o činnost laboratoře zpracování signálu a obrazu, předjednalo se několik možných spoluprácí s využitím TNA programu.

Petr Císař a Ievgen Koliada navštívili pracoviště MATE v městě Szarvas v rámci řešení projektu VVI zaměřeného na automatickou analýzu tření candáta pomocí kamerového systému. V rámci návštěvy bylo provedeno nastavení kamer v 9 nádržích a nastavení počítače pro zpracování video záznamu. Následně probíhalo vytvoření algoritmu pro detekci okamžiku uvolnění vajíček samicí candáta.

Ve dnech 16. - 27. června 2025 navštívil dr. Jan Urban v rámci TNA Aquaexcel 3.0 výzkumnou akvakulturní stanici Nofima v Sunndalsøra, Norsko. Cílem projektu přístupu je kvantifikace vlivu hladovění na chování a poškození ploutví mladých lososů atlantských a pstruhů duhových a klasifikace těchto vlivů pomocí umělé inteligence.

Dne 10.10 se Petr Císař zúčastnil padesáté výroční konference Asociace Polských producentů pstruha, konané v Gdyni, Polsko. Na konferenci jsem v rámci zvané přednášky představil koncept precizního chovu ryb, aktuální možnosti systémů počítačového vidění v akvakultuře a systému pro včasnou detekci nemocí ryb z obrazu. Asociace vnímá potřebu zavádět nové technologie do produkce ryb a snaží se proto o osvětu farmářů. 

Dne 1. 4. 2026 proběhlo setkání na řece Große Mühl (Rakousko) za účasti FROV JU (Szydłowska, Burič, Císař, Koliada) a BOKU (Hauer). Cílem byla návštěva třecích lokalit lipana podhorního (Thymallus Thymallus) a plánování instalace kamerového systému pro monitoring trdlišť, včetně možného sledování vlivu raka signálního (Pacifastacus leniusculus), který může narušovat trdliště a ohrožovat jikry přímou predací, jak je doloženo u lososovitých ryb.

Diskuse zahrnovala také plánování dalšího výzkumu, včetně možnosti instalace automatizovaného systému monitorování rybího přechodu, který pomocí kamery a strojového učení určuje počet a druhy migrujících ryb.

Aktivity proběhly v rámci projektu ATCZ00180 Living Treasures / Živé poklady bystřin a tůní (INTERREG Rakousko–Česko 2021–2027).

Ve dnech 22.–25. 9. 2025 se Petr Císař, Jan Urban, Mohammad Mehdi Ziaei zúčastnili mezinárodní konference Aquaculture Europe 2025. V rámci konference jsme všichni přednesli přednášku v sekci Precision aquaculture 4.0 a Contributed - Operations 1. Konference byla opět přínosná z pohledu navazování nových spoluprací, kdy jsme vytvořili mezinárodní pracovní skupinu pro monitorování nádrží pomocí počítačového vidění, a získání přehledu o novinkách v akvakultuře.

Ve dnech 15. - 19.7.2025 proběhla cesta na mezinárodní bioinformatickou konferenci IWBBIO 2025 pořádané na Gran Canaria Univerzitou v Granadě, Španělsko. Na programu a přípravě 12.ročníku se již tradičně podílel dr. Urban, který vedl sekci New advances Biotelemetry. Prezentovali jsme (dr. Urban, Mgr. Urbanová) přednášky z výzkumné činnosti laboratoře a diskutovali s ostatními účastníky a organizátory. S přípravou a organizací virtuální sekce Advances in Deep Learning in Bioinformatics and Bioengineering pomáhala doktorandka MSc. Osei, která rovněž uvedla svůj příspěvek.